دیگر ویژگی ممتاز این اثر آنست که مؤلف ارجمند، پس از ذکر همه این آرا و ادله و تبیین آن از زوایای گوناگون، با تکیه بر مکتب علمی-تربیتی حضرت امام خمینی(ره) و مرحوم علامه طباطبایی(ره)، برخی رموز و ظرائف مسئله امامت را موشکافی و رمزگشایی کرده است. ایشان توانسته است با تکیه بر آثار حضرت امام(ره) (خصوصاً کتاب «مصباح الهدایة») و آثار مرحوم علامه(ره) (به‌ویژه رساله «الولایه») به تبیین زوایایی از عمق نگاه شیعه نسبت به امر ولایت بپردازد که تاکنون کمتر بدان پرداخته شده است.
در اینجا اشاره‌وار ذکر می‌کنیم که در مکتب علمی-تربیتی این دو مرد الهی، میدان سیروسلوک، در واقع عرصه طی طریق در مراتب ولایت است و منازل مختلفی که سالک در این سیر طی می‌کند، مراتب به فعلیت رساندن مقام ولایتی است که خداوند استعداد آن را در فطرت توحیدی همه انسان‌ها به ودیعه نهاد. غایت و نهایت سیر سالک نیز، که مقام بروز و ظهور کامل کمالات و فضائل توحیدی در انسان است، همانا مقام ولایت است. بدین ترتیب، تبیین موضوع امامت و ولایت و پرداخت آن از زوایای گوناگون، مهم‌ترین و اساسی‌ترین مسأله در هندسه دینی و نظام اندیشه قرآنی و معرفت اسلامی است.
آنچه ذکر شد مربوط به سه جلد نخست کتاب است که به براهین عقلی در ابعاد کلامی و فلسفی و عرفانی و اجتماعی می‌پردازد و البته مبانی نقلی آن را نیز در انتهای هر بحث و با بهره‌گیری از قرآن و روایات وارده مطرح می‌کند.
سه جلد بعدی تلاشی است در جهت ارائه تصویر مقام امامت و ولایت در قرآن کریم. این مجلدات حاوی ادلّه صرفاً قرآنی با بهره‌گیری از چهل آیه است که یک به یک مورد تجزیه و تحلیل و تفسیر قرار گرفته. سیر براهین قرآنی بدین ترتیب است که ابتدا واژه‌های کلیدی آیه شریفه بررسی و تحلیل شده و سپس شأن نزول آن و دیگر نکات ادبی آیه با تکیه بر منابع اصیل فقه اللغه و ادبیات عرب مورد بررسی و موشکافی قرار می‌گیرد و سپس بیان آیه شریفه در تبیین امر ولایت ارائه می‌شود و در پایان، روایات ذیل آیه و دیگر آیات مرتبط با بحث مطرح می‌گردد. ویژگی این روش، توجه به «تفسیر واژه‌محور» آیات الهی است؛ به طوری که بسیاری نکات و لطایف آیات قرآن که در روایات بدان تصریح شده، مستقلاً از خود آیه شریفه قابل استنباط است. روش تفسیری مولف در این اثر بیش از همه نزدیک به روش تفسیری علامه طباطبائی(ره) در المیزان است.
